Již ve svém počátku byla homeopatie Hahnemannem úspěšně použita při epidemii spály v roce 1799 v Königslutteru. Hahnemann tehdy sepsal knihu o použití Belladonny při léčbě spály a traduje se, že přílohou každé knihy byla lahvička tohoto léku. Mortalita homeopaticky léčených pacientů byla méně než 5 %, nicméně není zde srovnání s pacienty léčenými dle konvenční medicíny té doby. Je zajímavostí, že homeopatie byla uvedena do praxe ve stejném roce, kdy Jenner provedl svoje první očkování a Hahnemann sám byl příznivcem očkování.

Homeopatie svůj potenciál ukázala později i v 19. století při epidemiích cholery. Při těchto epidemiích Hahnemann zjistil, že většina populace reaguje velmi obdobně a že naprostou většinu nemocných lze léčit jen velmi úzkým spektrem homeopatických léků (tzv. genus epidemicus).

Při epidemii cholery v Rusku v letech 1830–1831 byla úmrtnost homeopaticky léčených pacientů 11 % ve srovnání s 63 % klasicky léčených pacientů. Při epidemii cholery ve Vídni, Praze, na Moravě a v Uhrách byla úmrtnost homeopaticky léčených 7 % ve srovnání s 31 % pacientů léčených klasicky. Zajímavá čísla přinesla epidemie tyfu v Londýně v roce 1847, kdy mortalita homeopatických pacientů byla 2 %, u pacientů léčených klasickou medicínou 13 % a mortalita neléčených pacientů byla 10 %. Epidemie cholery v Londýně v roce 1854 měla mortalitu při léčbě homeopatií 16,4 % a při léčbě konvenčními postupy 59,2 %, což je doloženo záznamy Royal College of Physicians.

Na počátku 20. století při epidemii španělské chřipky homeopatie opět prokázala svoji účinnost (a bezpečnost), protože úmrtnost takto léčených pacientů byla méně než 1 % ve srovnání s úmrtností klasicky léčených pacientů, která celosvětově byla 2,5–10 %. Odhaduje se, že tato infekce postihla celkově až 20 % celosvětové populace.

Nicméně data z amerických nemocnic zaznamenávají mnohem výraznější rozdíly. Dr. Dean Pearson z Pittsburghu zaznamenal soubor 26 795 homeopaticky léčených pacientů s mortalitou 1,05 %, zatímco běžná mortalita pacientů v okolních nemocnicích byla 30 %. Dr. McCann z Ohia shromáždil data 24 tisíc klasicky léčených pacientů, jejichž mortalita byla 28,2 % a 26 tisíc homeopaticky léčených, jejichž mortalita byla 1,05 %.

Již v dobách španělské chřipky byla homeopatie, kromě léčby, masově použita i jako prevence onemocnění a z této doby máme dodnes mezi homeopatickými léky Oscillococcinum a Influenzinum.

Účinnost prevence chřipkových onemocnění byla potvrzena v letech 2009–2011 při epidemii prasečí chřipky H1N1. V Indii byla srovnávána homeopatická prevence a úprava životního stylu a dodržování hygienických opatření. Ve skupině homeopatie byla incidence chřipkových příznaků 3,7 % a ve skupině preventivních opatření 6,7 %. V Brazílii byla provedena studie srovnávající mimo jiné homeopatický komplexní přípravek proti placebu. V následujícím roce byly u sledovaných osob ve skupině placeba zaznamenány 3 epizody chřipkových onemocnění, kdežto ve skupině homeopatie nebyl zaznamenán žádný takový výskyt. U prasečí chřipky byl ve studiích v Indii i ve Švýcarsku účinek homeopatie dobře dokumentován.

Jednou z posledních epidemií, kde byla homeopatie s úspěchem použita, byla epidemie leptospirózy na Kubě v roce 2007. Při enormním nedostatku vakcín byl užit homeopatický izopatický lék, a to u 2,3 milionu osob. Zde poklesl výskyt nemoci z 38 na 4 případy na 100 tis. obyvatel, kdežto v neléčené populaci se tento výskyt nezměnil. V dalších letech byla na Kubě využita homeopatická profylaxe u více než 9 milionů obyvatel, a to nejen oproti leptospiróze, ale i chřipce, respiračním chorobám, žloutence typu A i epidemické konjunktivitidě, vždy s jasným benefitem.

Homeopatie je osvědčený léčebný systém, který lze snadno integrovat do systémů zdravotní péče a který může prokázat velkou službu i v případech onemocnění novými kmeny, jako je například MERS, SARS či nyní covid-19, a to zejména v dobách, kdy proti těmto chorobám není k dispozici účinná a bezpečná očkovací látka.

Homeopatie je navíc bezpečná a lze ji bez obav použít i u rizikových skupin nemocných, jako jsou novorozenci, děti, těhotné a senioři.